A kutya a farkas háziasításával (domesztikációjával) jött létre, amint azt mitokondriális DNS-adatok is bizonyítják. A háziasítás kezdetének időpontját tudományos viták övezik, de általában 10 000–100 000 évvel ez előttre teszik. A legkorábban háziasított állat, egy 14 000 évvel ezelőtti lelet is létezik (Oberkassel, Németország), ami valószínűleg egy kutya állkapocscsontja. Azonban olyan vélemény is létezik, hogy a kutyák az emberrel együtt jelentek meg hozzávetőleg 125 millió évvel ezelőtt. Ennek a véleménynek azonban ellentmond, hogy olyan vadkutyát nem találtak, amely nem elvadult volna. A legtöbb lelet azonban Izraelből és Palesztina területéről származik, ami a kutya délnyugat-ázsiai eredetét látszik igazolni. A koponyaszerkezet alapján viszont a kelet-ázsiai kialakulás és a kínai farkastól való származás is lehetséges. A mitokondriális DNS-vizsgálatok alapján is a kelet-ázsiai teória a valószínűbb, ugyanis innen származtak a legváltozatosabb minták. Viszont mára már bizonyos, hogy a kutya kizárólagos őse a farkas. (Konrad Lorenz egy ideig bizonyos kutyaféléknek más őst tulajdonított, az aranysakált, de később visszavonta elméletét. A kutyafajták közötti genetikai variáció nem kisebb, mint a farkasok és a kutyák közötti (0,2%).
Domesztikáció szakaszai
- kb. 15 000 éve: általánosan, farkasfajtától különböző módon az ember közelében élő állatokban csökken az ember iránti agresszió.
- kb. 14-15 000 éve: az ember letelepedett életmódot alakít ki, ezzel párhuzamosan elkezdődik a farkasfélék irtása, így nő a falkák szaporodási izolációja, kialakulnak helyi változatok.
- Kr. u. 1. sz. (Columella): olyan kutyák tenyésztését javasolja, melyek megjelenési formája eltér a farkasétól (pl. pásztorkutya legyen fehér, juhászkutya legyen fekete)
- XIX. sz. vége: tudatos, fajta szerint szelektált kutyatenyésztés kezdete (1873: az első ebtenyésztő egyesület, Nagy-Britanniában).
- ? XXI. sz: családi kutya (morfológiailag különböző, de hasonló karakterű egyedek).
